PharmGKB全称是Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base，即遗传药理学与药物基因组学数据库，是一个综合资源，也是一个免费使用的资源，可为临床医生和研究人员提供有关遗传变异对药物反应影响的知识。

官网：https://www.pharmgkb.org/

PharmGKB常用的2种检索方法

第一种：以“药物通用名”为关键词进行检索（最常用，往往对药物更熟悉）；

第二种：以“基因名”或“基因变异”或“rs号”为关键词进行检索（已知基因名、基因变异或rs号）。

查询基本步骤

下面以华法林为例，对第一种检索方法进行演示

1.进入PharmGKB，输入“warfarin”，点击右侧搜索图标。

2.找到药物“warfarin”，点击下面的“临床注释”（Clinical Annotations）。

3.在临床注释中包含了临床证据级别，基因，变异，表型等信息，显示PharmGKB收录的与华法林药物效应相关的所有基因、基因变异，及对表型的总结，并按照“证据等级”由高到低排序。相关的临床注释能提供关于病人基因型-药物之间的关系。点击“Read Now”可对每个基因变异进行详细分析。

4.在“Read Now”详情页可见，该基因的rs9923231变异影响华法林的剂量。

下拉即可看到该变异的注释引用的文献，可对此进行更详细全面的解读，以进一步确定“临床意义的一致性”。 

5.处方信息（Prescribing Info）中，PharmGKB列出了药物基因相关临床指南和来源。

6.“Literature”中列出相关文献。

7.“pathways”中可以查看药物代谢通路及相关基因。

8.“Related to”中，PharmGKB列出药物相关其它信息，如华法林3个分子构型，与57个基因、29种疾病相关。每一项的下方均列出与之相关的信息（药品标签、临床注释、用药指导、文献资料等）。

以基因为关键词进行检索

以VKORC1为关键词进行检索，在列表页显示与该基因所有变异（数据库收录）相关的所有药物的信息，见“MOLECULE”列。

常见问题释疑

1、PharmGKB是否包含PubMed所有药物基因组学文献？

PharmGKB管理者定期从主要药物基因组学期刊及在整理VIP（Very Important Pharmacogene）和路径（pathway）的文献综述过程中手动整理相关文献。文献列表中的文献并未包括PubMed全部药物基因组学文献。

2、PharmGKB多久更新一次？

PharmGKB管理者为论文添加注释时，会同步添加文献注释和变异注释。定期审核VIP，路径和临床注释。新的临床指南注释和药品标签注释较明确时，PharmGKB也会及时添加。自动检索基因，药物、疾病数据将根据外部资源的预定更新而进行更新。

3、相关基因组变异的频率数据如何查看？

PharmGKB从1000 Genomes项目第III阶段导入该数据库的变异频率数据，可在变异页面的底部查看。dbSNP和ALFRED也提供变异频率检索。

4、PharmGKB如何定义罕见（rare）变异？

罕见变异通常定义为次要等位基因频率（MAF）<0.01或<1％的变异。在对临床注释进行评分和分配证据级别时，PharmGKB也考虑到罕见变异状态。

5、PharmGKB是否具有与药物反应相关的所有变异信息？

否。整理基因组变异数据是一个非常耗时的过程。一般PharmGKB尽量整理主要药物基因组学期刊中报道的相关信息，以及VIP和通路相关文献综述过程中的具有重要历史意义的文献资料，但无法人工整理全部文献。

6、如何为临床注释分配证据级别？

所有PharmGKB临床注释均基于基础证据的总分进行评分，PharmGKB管理者会使用此分数分配临床注释的证据级别。